При копировании битые сектора не будут перенесены на новый диск, но скопированные данные будут повреждены и недоступны для чтения. Если битые сектора содержат критически важные данные, например, Главную файловую таблицу, копирование не поможет. Рекомендую провести всевозможную проверку диска на битые сектора и ошибки.
Рабочую резервную копию всегда полезно иметь под рукой, даже если система работает отлично.