Да.
Да. Можно. "В лоб" - "копирование раздела". Для копирования нужно свободное место "куда". Но можно из [существующего] архива восстанавливать. На "аварийном диске" будут дополнительные инструменты типа "корректор загрузки".
Не знаю почему не получилось, посекторное вроде и не нужно. Сделайте загрузочную флэшку, отключите (необязательно но на всякий случай) первый диск (40ГБ) и загрузитесь с флэшки и восстановите из хранящихся на третьем (500ГБ) бэкапов, последовательно разделы первого и второго дисков на второй. Помните что после этого текущее содержимое второго диска (320ГБ) изменится невосстановимо.
Может быть просто букву надо было присвоить?