Что-то не помню где там пауза может быть. Прикрепите скриншот пожалуйста.
Так-то и когда до конца срабатывает, тоже сперва окно cmd выскакивает на долю секунды. У вас запланированный бэкап после этого не создаётся?
Может быть черёд ещё не настал? Устаревшая цепочка удаляется только после того как новая заполнится. Т.е. в вашем случае первая цепочка должна удалиться после того как рядом будет вторая с полным и пятью инкрементальными бэкапами.